西黒崎駅はホーム２面、線路２線です。
ホームは千鳥に配置されており、構内踏切で行き来します。構内踏切には警報機も遮断機もありません。

隣接する西黒崎バスターミナルとの乗り換え客でにぎわいます。

構内には黒崎車庫が併設されています。

1999年12月21日までは西黒崎駅と黒崎駅前駅との間に「黒崎車庫前駅」がありました。これは車庫への進入線路の東側に設置された駅で、黒崎駅前駅から西にわずか200mの地点にありました。

現在の黒崎駅前駅が同日、再開発の関係で西に移動したため廃止されました。

黒崎駅前駅の移転によって西黒崎以東の線形も変更され、旧上りホームは現在の下り線になりました。旧下りホームは壁、上屋はそのまま残され通路として使用されています。